Immersa nel fitto bosco della Montagnola, a 499 m. di altezza, si trova l’antica pieve di S. Giovanni a Pernina. Il toponimo deriva probabilmente dall’antroponimo etrusco Perna. La chiesa è attestata fin dal 1078, nel placito con cui la marchesa Matilde di Toscana confermò alla diocesi di Volterra le pievi di Pernina, Molli e San Giusto a Balli. L’edificio, realizzato in un bel filaretto di pietra, ha conservato gran parte delle sue strutture originali. Si presenta con un impianto basilicale a tre navate divise da quattro valichi che si congiungono ad un solo abside. Alcuni capitelli presentano decorazioni con disegni geometrici. Lo svettante campanile, alto circa 22 m., a base quadrata e con merlature terminali, è situato di fronte alla facciata della chiesa.